Préchauffez votre four à 175°C. Tapissez un moule à muffins de caissettes en papier ou graissez-le bien.
Dans un bol moyen, fouettez ensemble la farine, la levure chimique, le bicarbonate de soude, le sel, la cannelle, la muscade, le gingembre et les clous de girofle. Mettez de côté.
Dans un grand bol, mélangez le sucre granulé, le sucre brun, la purée de potiron, l'huile végétale, les œufs et l'extrait de vanille. Fouettez jusqu'à obtenir un mélange lisse.
Ajoutez lentement les ingrédients secs au mélange humide. Remuez délicatement avec une spatule jusqu'à ce que le tout soit juste combiné.
Pour la garniture au fromage à la crème, battez le fromage à la crème ramolli avec le sucre granulé jusqu'à obtenir une texture lisse. Ajoutez l'œuf et l'extrait de vanille, puis mélangez bien.
Remplissez chaque moule à muffins à moitié avec la pâte au potiron. Ajoutez une cuillerée généreuse du mélange de fromage à la crème au centre de chaque muffin, puis recouvrez avec plus de pâte au potiron jusqu'à ce que les moules soient remplis aux trois quarts.
Dans un petit bol, mélangez le sucre granulé et la cannelle pour le dessus. Saupoudrez ce mélange sur le dessus des muffins.
Faites cuire au four pendant 20 à 25 minutes, ou jusqu'à ce qu'un cure-dent inséré dans le muffin en ressorte propre.
Laissez refroidir dans le moule pendant 5 minutes avant de transférer sur une grille pour refroidir complètement.